馬克思主義學(xué)院，前身系1998年新疆醫(yī)學(xué)院與新疆中醫(yī)學(xué)院兩校合并成立新疆醫(yī)科大學(xué)時設(shè)立的人文社會科學(xué)部。2017年4月25日成立馬克思主義學(xué)院，是直屬學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)的獨立二級機構(gòu)。
馬克思主義學(xué)院是學(xué)校意識形態(tài)工作的最前沿陣地，肩負(fù)著傳承發(fā)展馬克思主義、引領(lǐng)社會主義人才培育，貫徹黨中央治疆方略，培養(yǎng)政治合格的醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)人才的重要使命。統(tǒng)一開設(shè)全校思想政治理論課，統(tǒng)一管理思想政治理論課教師，統(tǒng)一負(fù)責(zé)馬克思主義理論學(xué)科建設(shè)。是學(xué)校本科教學(xué)的重要環(huán)節(jié)。
學(xué)院現(xiàn)有教職員工43人，專職教師39人，師生比為1:252。下設(shè)學(xué)院辦公室、教科辦和5個教研室：“毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論”教研室、“思想道德修養(yǎng)與法律基礎(chǔ)”教研室、“馬克思主義基本原理概論”教研室、“中國近現(xiàn)代史綱要”教研室和形勢與政策課教研室。學(xué)院擁有1個校級研究平臺：“新疆醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)人文研究所”，1個校級對口協(xié)作研究中心：2017年成立的“吉林大學(xué)——新疆醫(yī)科大學(xué)一帶一路民心相通智庫”。
學(xué)院現(xiàn)有一個二級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點（思想政治教育專業(yè)）；一個自治區(qū)級思政課重點建設(shè)課程《毛澤東思想與中國特色社會主義理論體系概論》，一個校級重點學(xué)科“毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論”。馬克思主義理論學(xué)科已經(jīng)被學(xué)校確立為重點扶持學(xué)科。